Na terenie Koszalina zlokalizowanych jest obecnie 49 pomników przyrody ożywionej. Są to pojedyncze drzewa i grupy drzew. Najwięcej pomników przyrody znajduje się:
- w Parku im. Książąt Pomorskich cz. „A” – 14 pomników, w tym jedna grupa (platany),
- w Parku im. Książąt Pomorskich cz. „B” – 7 pomników,
- w Parku przy Amfiteatrze – 7 pomników,
- w Parku im. T. Kościuszki – 5 pomników.
Drzewa uznane za pomniki przyrody to głównie dęby, jesiony, buki, klony.
Szczegółowe lokalizacje, opisy i fotografie pomników przyrody można znaleźć na stronie https://geoserwis.gdos.gov.pl/mapy .
Oprócz pomników przyrody na terenie Koszalina znajduje się zespół przyrodniczo-krajobrazowy „Wąwozy Grabowe”. Są one położone pomiędzy ulicami Wąwozową i Próchnika – Staszica. Charakteryzują się zróżnicowanym ukształtowaniem terenu i bujną roślinnością.
Częściowo w granicach miasta Koszalina i częściowo na terenie Gminy Manowo jest zlokalizowany rezerwat przyrody „Jezioro Lubiatowskie im. Prof. Wojciecha Górskiego”. Jezioro Lubiatowskie jest płytkim zbiornikiem polodowcowym, o zmiennym poziomie wód. Rezerwat został utworzony w celu ochrony miejsc lęgowych ptaków wodno-błotnych.
Na najcenniejszych przyrodniczo obszarach Koszalina oraz na terenach wokół miasta został utworzony obszar chronionego krajobrazu Koszaliński Pas Nadmorski. Zajmuje łączną powierzchnię około 50 ha i obejmuje obszary przymorskie.
Na terenie miasta znajdują się również dwa użytki ekologiczne, objęte ochroną ze względu na rzadki skład gatunkowy roślin.